昌平区中医医院始建于1984年的昌平县中医门诊部，于1992年12月26日正式建院。1999年8月撤县设区后更名为北京市昌平区中医医院。对此，国家中医药管理局、市卫生局、市中医管理局、昌平县委、县政府给予了大力支持。建院十年来，医院靠科学管理治院，以改革统揽全局，以不断创新求发展，确定了以“以病人为中心，以质量为核心，以特色为优势”的办院方针，以“优质、高效、低消耗”为总体目标，走科技兴院之路。