1984年9在昌平镇鼓楼南街昌平县中医门诊部正式成立。
　　1990年9月国家中医药管理局、北京市卫生局、北京市中医管理局积极扶持昌平中医事业，由昌平县政府投资开始兴建昌平县中医医院。
　　1992年12月26日门诊楼及Ⅰ号综合病房楼落成，建筑面积为4493平方米，昌平县中医医院正式成立。
　　1995年6月中华人民共和国卫生部、联合国儿童基金会、世界卫生组织、国家卫生部命名为“爱婴医院”。
　　1995年10月国家中医药管理局评定为“二级甲等中医医院”。
　　1999年8月昌平撤县设区更名为北京市昌平区中医医院。
　　2000年6月南大街社区卫生服务站正式成立。
　　2000年10月科技园区社区卫生服务站正式成立。
　　2001年2月亢山及西关社区卫生服务站正式成立。
　　2001年6月南郝庄社区卫生服务站正式成立。
　　2001年11月西环里社区卫生服务站正式成立。
　　2002年4月北门诊社区卫生服务站正式成立。
　　2002年6月医技楼落成，建筑面积为2200平方米，同时急救中心正式成立。
　　2002年8月介山社区卫生服务站正式成立。
　　2002年10月Ⅱ号综合病房楼破土动工，建筑面积为3200平方米，心脏介入治疗中心将在此成立。
　　2002年11月天通苑分院落成，建筑面积为2300平方米，昌平区中医医院天通苑分院正式成立。
　　2003年12月一栋3128.66平方米的综合病房大楼峻工并投入使用。
　　2004年5月北京市红十字会紧急救援中心昌平分中心成立。
　　2004年6月西环南路社区卫生服务站正式成立。